Schlicht und einfach, nein 
Ich persönlich würde dieses total veraltete Tool auch nicht einsetzen. Als Ersatz gibt es das AddOn "ImportExportTools NG" welches das ganze TB-Profil sichern kann, oder auch nur die Mails.
Passiert dein Phänomen auch im Fehlerbehebungsmodus ?
Und dass dies ein Problem vom TB sein soll, kann ich mir nicht so richtig vorstellen.
Vielleicht hat ja auch einer von euch das gleiche Problem schon mal gehabt
... ich zumindest nicht, da ich KEIN AVAST INTERNET SECURITY verwende. Du solltest mal darauf dein Augenmerk richten, diese ISS wird vermutlich dein Problem verursachen.
IMAP-Ordner, die du nicht sehen möchtest, musst du in den Konteneigenschaften > Abonnieren abwählen.
Wenn du nach der Anleitung von "Heise" das Thunderbirdprofil ( %AppData%\Thunderbird\*******.dafault-release ) auf ein anderes Medium kopierst (sicherst), hast du das gesamte TB-Profil mit allem, was dazu gehört für einen späteren Restore.
Nun wüsste ich gerne ob und wie ich mein altes Profil wieder herstellen kann, und benötige dafür euren Rat.
... wenn du dann den TB wiederherstellen willst, warum auch immer, so musst du nur den Inhalt des alten Profils (bzw. des neuen Profils bei einer Neuinstallation des Systems) löschen und nur den Inhalt des gesicherten Profils dort wieder einfügen.
Die Datei compatibility.ini muss vor dem neuen Start vom TB gelöscht werden. Denn wenn die Versionen unterschiedlich sind, gibt es eine Fehlermeldung.
Und hier übrigens aus unserem Forum die detaillierte Anleitung dazu:
Profilordner - Sichern und aus Backup wiederherstellen - Thunderbird Mail DE
OT
Bislang habe ich noch keinerlei Nachteile bemerkt.
... wenn man vernünftig mit seinem System umgeht und weiß, was man tut, sowie regelmäßige Systembackups macht, gibt es auch keinen Grund (auch für mich) diese Ordner nicht anzeigen zu lassen.
Die sollten ja eigentlich unter Benutzer/Namen/APPDATA/Roaming/Mozilla Thunderbird/ zu finden sein. Aber da liegt nur irgendwas von Adobe was da wohl eigentlich nicht hin gehört ??????
... dann hast du mit deinem System ein grundlegendes Problem
Mozilla Thunderbird hatte ich überlesen.
Hast du mal das Profil manuell auf eine andere Partition oder Laufwerk ausgelagert ?
Wie kann es sein, dass bei mir unter AppData so gut wie keine Software registriert ist.
... auch das ist für Windows und installierte Programme nicht normal.
Meine selbstgemachten Donnervögel nach diesem Muster portable gemacht, bekommen auch automatische Updates.
Kontingent beim Mailprovider ! 
Sollte unser Entdecker POP-Mails lokal speichern, dann braucht er ja bloß in der linken Spalte die Größen überprüfen.
... dann gibt es aber nicht vom Mailprovider die Warnung, dass der Kontinent fast aufgebraucht ist. Siehe auch #4.
Laß dir die Spalte 'Größe' anzeigen und sortiere danach.
... bringt aber nichts, wenn der TE POP3 benutzt und in den Konteneinstellung den Haken Nachrichten auf dem Server belassen gesetzt hat , dann muss er beim Provider aufräumen.
Da der TE auf die Frage nach dem Mailprotokoll noch keine Antwort gegeben hat, ist es nur eine Vermutung.
Indem du direkt beim Mailprovider mal deine Mailbox aufräumst.
Es können ja ev. Mails mit großen Anhängen sein.
Zudem wäre es auch der Hilfe förderlich, welches Mailprotokoll du verwendest.
Das kannst du hier einstellen, gehe auf Ordner und die 3 Punkte.
vermisse ich eine Funktion bei den Filtern: Start einer bestimmten Datei / Anwendung.
... gibt es auch unter Windows nicht und ist mir auch nicht bekannt das TB aus einem Mail-Filter ein Programm öffnen kann, was auch m.M.n. sinnlos wäre.
Na ja, du musst doch die Zugangsdaten zu deinem Yahoo-Konto wissen
Wer weiß, wie ich die Zugangsdaten wieder herstellen kann, ohne das Konto zu löschen?
... aus deinem Profil-Backup.
Und hier unsere "Hilfe & Lexikon" ganz oben auf der Webseite:
Passwort zu meinem E-Mail-Konto vergessen - Thunderbird Mail DE
Was anderes fällt mir dazu nichts ein, weil ich Outlook nicht kenne und keinen Vergleich machen kann.
Ja, das geht mit dem AddOn Auto Select Latest Message
OT
hat sich jetzt Microsoft bei Mozilla eingeschlichen
Ich gebe ja zu, dass das Layout vom TB ein "bisschen Hausbacken" ist 
Hallo und erst einmal herzlich willkommen hier im Forum.
Das kannst du so einstellen, unter Menüleiste > Ansicht > Fensterlayout > 3-Spalten-Ansicht. Ev, musst du die Menüleiste temporär mit der Alt-Taste dir anzeigen lassen.
Inzwischen erfolgreich geregelt. Danke!
... und mit welcher Problemlösung damit andere User mit einem vergleichbaren Problem ein Endergebnis erzielen können ?
