Ich habe Schwierigkeiten, deiner Beschreibung zu folgen. Mir ist z.B. nicht klar, ob das lokale Mailarchiv ein Archiv im Sinne des Thunderbird ist. Ein Entscheidungsbaum oder Flussdiagramm wäre hilfreich.
Aber zuvor: Der "Fehler" klingt" für mich so, als würdest du eine E-Mail verschieben, die nur noch in den mfs-Dateien existiert. Grundsätzlich würde ich bei IMAP immer empfehlen, nicht zu verschieben sondern zu kopieren und danach zu löschen. Eben weil der Thunderbird in der Standardeinstellung bereits eine tempopäre lokale Kopie vorhält. Wenn auch das nicht sauber funktioniert, dann bitte zeichnen.