In deiner Anfrage hast du nicht geschildert, zu welchem Zweck die E-Mails außerhalb des Thunderbird gespeichert werden sollen. Der kann aber eine entscheidende Rolle bei der Wahl des Verfahrens spielen. Sonst ist der Ärger hinterher groß.
Bevor du dich auf die Suche nach einem PDF-Konverter machst, deshalb noch folgenden Hinweise.
Ist der Zweck der, die E-Mails dauerhaft zu archivieren, kann das Umwandeln in PDF oft ein gangbarer Weg sein. Er funktioniert aber nicht oder nur sehr eingeschränkt, wenn die Anhänge nicht nur aus Textdokumenten bestehen.
Grafiken können einen Qualitätsverlust erleiden, Tabellen verlieren ihre Formeln, beglaubigte Dokumente ihre Gültigkeit, usw. . Damit wird das Konvertieren in vielen Fällen unbrauchbar.
Bedenke auch, dass die umgewandelten Dokumente dann später nur noch gelesen werden können. Möchtest du sie auch nachträglich bearbeiten können, wird es schwierig bis unmöglich.
Wichtig wäre auch, dass das Tool deiner Wahl die verwendeten Schriften mit in das PDF-Dokument einbettet. Ist das nicht der Fall, werden die Dokumente später u.U. in einer anderen Schriftart oder auch gar nicht mehr dargestellt. ¹
Beim Speichern im EML-Format hingegen bleiben die Anhänge im Original erhalten. Damit lassen sich einige der Nachteile des PDF umgehen.
Zum Öffnen benötigt man dann ein E-Mail-Programm oder analog zum PDF-Reader einen EML-Viewer. Es muss nicht der Thunderbird sein, auch andere Programme können EML öffnen. Das Format stammt übrigens von Microsoft Outlook.
Bei allen Verfahren - egal ob PDF, EML oder gleich im Thunderbird behalten - gibt es noch etwas zu beachten, zumindest vorher zu testen. Enthalten die E-Mails oder deren Anhänge externe Grafiken, werden die Links darauf irgendwann einmal nicht mehr funktionieren. Die Grafiken werden dann nicht mehr angezeigt. ²
Abhilfe lässt sich schaffen, indem man die E-Mail bzw. den Anhang druckt. Das muss nicht auf Papier sein. Man kann auch in eine Datei drucken, z.b. als PDF. Das ist aber etwas anderes als ein Konvertierungstool zu benutzen. Wenn du dich für ein solches Tool entscheiden solltest, prüfe also, ob externe Grafiken dort auch heruntergeladen und eingebettet werden.
¹ :
Das gilt ganz unabhängig von E-Mail grundsätzlich auch für Office-Dokumente usw. . Wenn man sicherstellen will, dass z.B. ein Word-Dokument auch in zehn Jahren noch so angezeigt wie heute, muss man die Schriften einbetten. (Die stellt MS heutzutage auch über die Cloud zu Verfügung.)
² :
Der Thunderbird kann die Grafiken im Cache halten. Das ist aber auch keine dauerhafte Lösung.