Manchmal hilft es einem schon weiter, wenn man aufschreibt, was einen drückt. In dem Fall auch.
Ursache war folgendes:
Ich habe die bisherige Konfiguration mit dem Abruf via POP erst mal unverändert in Thunderbird gelassen und zusätzlich die Abrufe via IMAP konfiguriert. D.h. die Abrufe der mail-Konten habe ich doppelt angelegt, einmal via POP und einmal via IMAP.
Über die POP-Schiene hat Thunderbird alle 10min nach neuen mails gefragt, runtergeladen, aber serverseitig nicht gelöscht.
Das reine Herunterladen via POP führt dazu, dass die mails serverseitig für IMAP auf gelesen gesetzt werden. Das wiederum führte dazu, dass scheinbar unmotiviert früher oder später lokal in meinem Thunderbird auf der IMAP-Schiene mails auf gelesen gesetzt wurden.
Ich hoffe, ich habe das verständlich beschrieben.