Gelesen/Ungelesen Status und Schlagworte werden in den mbox Dateien (den Dateien ohne Endung) gespeichert und sollten alle Operationen überleben, inklusive Löschen der .msf Dateien.
Ich vermute, das deine Importfunktion Mails direkt in die mbox Dateien geschrieben hat, aber ohne die Thunderbird spezifischen Kopfzeilen. Ohne diese kann TB den Status nur in den .msf Dateien speichert.
Schau doch mal in eine mbox Datei rein. Jede Mail fängt mit 'From - datum' an, danach kommen (oder eben auch nicht) drei Zeilen 'X-Mozilla-...'