So Ihr Lieben...
nach einigem hin und her und ausprobieren hat jetzt alles funktioniert - was genau jetzt zum Schluss der Haken war, weiss ich jetzt auch nicht, aber für die, die es gerne ergründen oder nachvollziehen wollen (und im Gegensatz zu mir auch können ), hier was ichgemacht habe:
Meine Ordnerstruktur hatte einen Ordner, der direkt unter dem Konto angelegt (wenn so will auf einer Ebene mit dem Posteingang). Dieser war seltsamerweise auch im Gegensatz zu allen anderen Ordnern kursiv geschrieben. Unter diesem Ordner waren 5 weitere Hauptordner angelegt, jeweils wieder mit massiv Unterordnern.
Ein Export des Hauptordners hat nicht funktioniert, dann wurde mir immer nur der erste Unterordner importiert, dieser dann auch leer.
Nach den Hinweisen von ThoBa und dErzOnk habe ich mit dem Backup und dem AddOn etwas herumprobiert und habe die 5 Unterordner unter den "Lokalen Ordner" verschoben und einzeln exportiert, dies hat dann funktioniert - bis auf einen: Derjenige, der beim ersten Export als einziger und leerer Ordner angekommen ist, hat sich nicht mit den Mails verschieben lassen, sondern auch hier nur leer. Die Mails aus dem Ordner habe ich dann halt einzeln als EML ex- und wieder importiert - hat dann geklappt, waren nur so 15 Stück - von daher ging das vom Aufwand noch.
Wie gesagt, warum das jetzt so und vorher nicht geklappt hat, weiss ich auch nicht - aber ich danke auf jeden Fall allen, die mich auf den richtigen Weg gebracht haben - Ergebnis zählt...
Viele Grüße
docpepper79