Um zu testen, habe ich jetzt mal 2 Mails an mich selbst gesendet. Eine beim Verfassen als Text-Kodierung "Unicode" und eine beim Verfassen als Text-Kodierung "westlich". Wenn ich die Mails jetzt nach dem Empfangen anschaue und im Menü Ansicht → Text-Kodierung kontrolliere, dann kann ich erkennen, dass Thunderbird die Einstellung abhängig von der Angabe im Header der jeweiligen Mail korrekt einstellt.
Es springt also nicht einfach zurück auf "westlich" bei Dir, sondern der Header der betrachteten Mail gibt das vor (manchmal leider auch falsch).
Man kann Thunderbird so einstellen, dass er jegliche Header-Angabe beim Anschauen ignoriert und immer Unicode verwendet. Dies muss man in den Eigenschaften eines Ordners machen (und somit vermutlich für jeden Ordner separat). Dort kann man festlegen, dass der Header übergangen werden soll zugunsten der in den Ordner-Eigenschaften festgelegten Kodierung. Letztlich sollte das aber nur in Sonderfällen gemacht werden. Man könnte beispielsweise einen Ordner für die Mails von "Max Mustermann" anlegen, von dem man weiß, dass er immer falsche Kodierungs-Informationen im Header seiner Mails hat.
In den allgemeinen Einstellungen des Thunderbird legt man nur eine Einstellung der Kodierung für Nachrichten fest, die keine Angabe im Header haben. Diese werden dann mit der dort festgelegten Einstellung angezeigt.
Das Menü Ansicht → Text-Kodierung dient im Grunde nur der vereinzelten manuellen Anpassung der Kodierung, wenn man vereinzelt eine Mail erhält, die sonst falsch angezeigt wird.