Selbst erstellte Ordner n. Update auf 2.0.0.4 gelöscht

Das automatische Update von 1.5.x auf 2.0.0.4 brach ab, daher manuelles Update (Download und Installation per Setup.exe) durchgeführt. Anschl. waren die selbst erstellten Ordner komplett weg und gelöscht, werden allerdings im Programmfenster selbst noch angezeigt. Anclicken löst eine ewig anhaltende Sanduhr aus. Im Profilverzeichnis sind nur die Standardordner (leer) vorhanden.
Ich habe 3 Mailaccounts (POP3), bei zweien sind die Mails und Ordner futsch, beim Dritten (Web.de) kurioserweise noch vorhanden.
Auch eine Suche im Explorer nach den Mailboxen gab nur Verweise auf die Profilordner, in den Einstellungen sind die Pfade auch richtig angegeben. Die Mails wurden (zwar nicht täglich) gesichert, aber alleine das Anlegen der vielen Ordner für 3 Accounts dauert schon lange.
Seitdem ist auch das runterladen neuer Mails nicht möglich, ich denke, TB weiß nicht, wohin abzulegen, da die Einstellungen noch erhalten sind, die Mailboxen aber nicht mehr existieren.
Gibt es eine Abhilfe?

Vielen Dank schon mal für diesen Tipp!!!

Da scheint wohl ein mehrschichtiges Problem vorzuliegen:
die "nicht funktionierenden" Ordner haben unter Eigenschaften den Zeichensatz Arabisch eingestellt (wie kommt das??), den Button 'Index wiederherstellen' kann ich zwar anklicken, aber der OK-Button funktioniert nicht, nur Abbrechen. Werde das mal mit mit dem Löschen probieren...geht zwar (umbenennen wird verweigert), beim Neustart von TB lässt sich der Ordner aber weiterhin nicht öffnen.

Im Standardprofilverzeichnis Anwendungsdaten \Nutzername\ etc. sind nur die Standardordner, die ja nix enthalten. Nach längerem Suchen fand ich das zusätzl. Verzeichnis für die zusätzlich angelegten Ordner auf einem anderem Laufwerk, dort sind nur die verloren geglaubten Ordner mit Inhalt (hatte ich zwecks einfacherem Backup bei der Erstinstallation dahingelegt), nur der Verweis auf diesen Pfad scheint nach der Neuinstallation auf 2.0.0.4 inkonsistent zu sein. Je nach "Zugang" verweist er unterschiedlich. In der prefs.js ist der Standardpfad auf Anwendungsdaten\Nutzername\etc. gelegt, unter "Extras-Einstellungen-erweitert-Konfiguration bearbeiten" steht der richtige Pfad auf das andere Laufwerk.

Muss ich dann in der prefs.js die Pfade korrigieren? Da bin ich mir unsicher!

Der probeweise Import der MBox aus dem Originallager hat geklappt, dort liegen jetzt auch die importierten Ordner (mit gleichem Namen plus zusätzl. Nummer als Bezeichnung), immerhin kann ich die Mails wieder lesen (ein Fortschritt!!), aber weiterhin kein Mails abrufen. Liegt wahrscheinlich daran, dass der generelle Posteingang noch blockiert ist, da der generelle Inbox-Ordner nicht gefunden wird?

Gibt's dazu auch Tipps?

Leider funktionierte der Profilmanager nicht. Ich habe daher alle Dateien und Profile gesichert, TB deinstalliert und versucht neu zu installieren, was ebfs. nicht gelang ("Sie haben keine Berechtigung, auf diesen Datenträger zu schreiben..."). Die Überprüfung des LW über Eigenschaften/Sicherheit ergab für Benutzer nur Lese-Schreib-Rechte. Ich habe dann den Vollzugriff gewährt, dann klappte die Installation und alles war (trotz deinstall. TB) auf Anhieb wie früher.
Ich habe zuvor (allerdings zeitgleich mit dem Update von TB) den LW-Inhalt mit Partition-Magic auf eine neue HD kopiert, dabei scheint die Berechtigung zurückgesetzt worden zu sein? Ich kann mich aber auch nicht erinnern, jemals den Vollzugriff zuvor eingeräumt zu haben.
Schade, dass ich das nicht vor der Deinstall. probiert habe, so gibt es 2 Fehlermöglichkeiten.

Danke für den Support, es ist beruhigend, bei sowas Beistand zu haben!

Anyhow, es geht alles wieder: alle Ordner sind abrufbar, die Mails lesbar, der Download vom Server etc. Das einzige was neu ist und nervt: es wird eine Diskrepanz zwischen eingetragenem Mail-Server (Angabe der IP-Adresse) und dem Zertifikat des Providers (Klarname) bei jedem Verbindungsaufbau gemeldet. Wg. Serverumzuges/-umbaus des Providers wurde mir zum Eintrag der IP-Adresse geraten, weil die im Gegensatz zum Namen übernommen wurde.
So lag es vielleicht doch an den fehlenden Rechten des LW, auf dem die Ordner liegen.....??!!

zum Profilmanager: (ich nutze XP Home)
Ich habe es so gemacht, wie in der Doku beschrieben, Start über thunderbird.exe -p, doch es startete nur ganz normal der TB wie immer, allerdings leer, ohne Ordner. Vielleicht war das oK, aber ich habe da was anderes erwartet.