Guten Moegen und willkommen im thunderbirdforum. Mein tipp heißt Konten komprimieren, da werden alle Mails, die Du schon mal gelöscht hast, endgültig entsort, dann hast Du wieder Platz weitere zu löschen.
Hat leider nicht geholfen.
In andere Ordner kann ich auch keine Mails mehr verschieben 
Guten Abend!
Wie sieht es denn aus, wenn Thunderbird im Safemode, also im abgesicherten Modus gestartet wird? Ode3r geh mal auf das Webmailinterface Deiner Provider und versuch es dort, dann sollte ja Thunderbird die Ordner syanchronisieren.
Neuinstallation wird Dein Problem nicht lösen.
Komprimiere alle Konten, installiere die Erweiterung
Extra Folder Columns
und schau, ob wirklich die Ordner, die leer sein sollen auchkeine Größenangabe mehr aufweisen. Nur dann sind die Mails wirklich entsorgt.
