Hallo!
Theoretisch müsste Thunderbird ja jedes alte Profil einfach weiter benutzen können, wenn er weiß wo es zu finden ist (per Profil-Manager entsprechend eingerichtet). Ich vermute allerdings, dass im Laufe der Jahre so manche Funktion aus dem Code entfernt wurde, womit alte Daten in neuere Formate umgewandelt werden bzw. wurden. Ob es eine Rolle spielt, dass Dein alten Profil vom portablen Thunderbird stammt, kann ich nicht beschwören, glaube es aber (bezüglich Inhalt des Profils) nicht.
Was hattest Du denn überhaupt an "Daten" im alten Profil drin? E-Mail per POP, Adressbücher (lokal oder Netzwerk?), S/MIME-Zertifikate oder sonstiges?