Das ist ganz normales Verhalten, wenn man auf das Postfach per POP3 zugreift. Nur per IMAP kann man auf die differenzierten Ordner des Postfach-Anbieters zugreifen und auch diese abrufen bzw. deren Inhalt in E-Mail-Programmen wie Thunderbird sehen.
Du musst Dich also entscheiden: Entweder bei POP bleiben, dann könntest du theoretisch den Spam-Ordner regelmäßig per Web-Interface bei Arcor kontrollieren, oder Du deaktivierst den Spam-Filter bei Arcor komplett, damit alles im Posteingang bleibt. Alternativ könntest Du auch in Thunderbird zu IMAP wechseln(streng genommen das Konto nochmal neu einrichten in Thunderbird). Dann hättest Du "alle" Vorteile.
Prinzipiell steht hier, wie man ein IMAP-Konto komplett einrichten kann:
E-Mail-Konto (IMAP) einrichten
Für die notwendigen Schritte, um von einem bestehenden POP-Konto in Thunderbird zu einem IMAP-Konto zu "wechseln", gibt es hier eine kurze Anleitung von mir im Thema: