Meine Rückfrage bringt Dir vielleicht jetzt nicht direkt viel, hilft aber uns und womöglich auch Dir für die Zukunft etwas mehr zu verstehen. Schau Dir bitte mal die folgende Anleitung an:
E-Mail-Konto (IMAP) einrichten
Ich bekam auch die Aufforderung, ein neues Konto zu erstellen, wählte dann aber die Option, das alte zu behalten.
Die Aufforderung, von der gesprochen hast, entspricht vermutlich dem ersten Bild aus der oben angegebenen Anleitung, oder? Und Du hast dann mit dem Konten-Assistenten "einfach" Dein bereits existierendes T-Online-Konto wieder eingerichtet, worauf Thunderbird per IMAP sich wieder mit diesem T-Online-Konto synchronisiert hat. Dann hattest Du die entsprechenden Ordner und Nachrichten des IMAP-Kontos wieder. Letztlich haben Dir dann "nur" noch die Ordner des Lokalen Kontos gefehlt, da dies eben nicht per IMAP wieder vom Server geholt werden konnte.
Entspricht meine Beschreibung dem, was Du erlebt und gemacht hast?