Da mir so langsam die Ideen ausgehen, könntest du mal den TB im Safe-Modus starten - Startmenü ...Mozilla Thunderbird (No Extensions)
Oder "C:\Programme\Mozilla Thunderbird\thunderbird.exe" -safe-mode
wenn auch das nichts hilft, musst du wohl das ganze mit mbox2eml probieren...
schöne Grüße
Toolman