Sind wirklich 2 Versionen installiert oder handelt es sich nur um einen doppelten Eintrag in der Liste der installierten Apps?
Ist letzteres der Fall, werden wahrscheinlich beim Versuch die ältere Version zu deinstallieren, beide deinstalliert. Da bei einer Deinstallation der Profilordner erhalten bleibt sollte es dann aber genügen die neue Version wieder zu installieren.
Eine vorherige Sicherung des Profilordners ist nie verkehrt. Normalerweise dürfte nichts schief laufen, aber sicher ist sicher.
