Hallo,
es wird auch eine lokale Kopie erstellt, die aber nicht vor dem Zugriff des Servers geschützt ist.
Allerdings kann es sein, dass Thunderbird gelöschte Mails nicht sofort oder gar nicht löscht.
Öffne dann einfach mal die dem Ordner entsprechende Datei ohne Endung wie inbox, sent, trash mit WordPad und suche anhand des Datum die verschwundenen Mails.
Wenn du sie gefunden hast sehen wird weiter. Hier ist z.B. das Add-on RecoverDeletedMessages recht hilfreich.
Alternativ könnte man auch den X-Mozilla-Status der Mails alle auf 0000 oder 0001 stellen, das geht mit Hilfe der Funktion "alle ersetzen" in WordPad. Mit Add-in geht es aber wesentlich schneller und komfortabler.
Gruß