Wenn man also nur den Profilordner sichert, überschreibt man dann im Falle der Wiederherstellung einfach den alten?
Ja.
Besser, weil meist mit noch weniger Aufwand verbunden, ist sogar das Sichern - und ggf- zurück"spielen" - des ganzen TB-Anwendungsordners %AppData%\Thunderbird\ samt aller Inhalte. Das umfasst dann sowohl den/die eigentlichen Profilordner (unterhalb bzw. in %AppData%\Thunderbird\Profiles\als auch die Datei %AppData%\Thunderbird\profiles.ini, in welcher Ort und Bezeichnung des/der eigentlichen Profilordner zu finden sind und anhand derer Thunderbird das zu startende Profil findet.
Oder ist dabei etwas zu beachten?
Ja!
Du hast oben POP-Konten angegeben. Sofern du das (standardmäßig aktive) Löschen neuer Mails beim Abruf vom Server nicht deaktiviert hast, sicherer zumindest auch mal das zu überschreibende Profil weg, bevor du das aus der Datensicherung widerherstellt und drüberbügelst. Denn sonst riskierst du, neuere, nur lokal gespeicherte Mail im Posteingang oder in den Lokalen Ordnern" (oder wohin auch immer du lokal deine Mails wegsortierst zugunsten besserer Ordnung/Übersicht und eines stets kleinen/leeren Posteingangs) zu verlieren durch Überschreiben mit einem älteren Stand.
Mein Rat wäre, generell nichts zu überschreiben, sondern am besten einfach den vorhandenen Ordner %AppData%\Thunderbird\ umzubenennen, zum Beispiel in %AppData%\Thunderbird_kaputt\ o.ä., danach der den Thunderbird-Ordner aus der Sicherung in %AppData%\ einzufügen ......