In welcher Datei speichert Thunderbird die mails
Sofern du nichts verändert hast, wird zur Ablage das mbox-Format verwendet.
Dabei findest du im Dateisystem im TB-Profil für jeden der Ordner im Thunderbird eine gleichnamige Datei, welche keine Endung hat. Und wenn die ok ist, wäre an sich nichts zu "importieren" ...
Wenn sie einen Hau weg hat, kannst du sie - vorher TB beenden! - durch die entsprechende Datei aus deiner Datensicherung ersetzen.
leider wurden die eingangs gestellten Fragen nicht beantwortet.
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Abgefragt wurde auch der Virenscanner.
Nicht völlig auszuschließen, dass der dir reingepfuscht hat.