... eine Routine auslöst, die alle Mails löscht ...
M.E. ist es deutlich wahrscheinlicher, dass die ganze Datei gelöscht wurde, als dass eine Routine sämtliche Mails löscht und auch das Komprimieren anstößt. Dann wäre wohl eher zu klären, welches Programm die Datei entfernt oder ggf. "einfach nur" durch eine neue, leere Datei ersetzt hat.
sie wurde ja von irgendeinem Prozess verändert
Das nehme ich ebenfalls an. Nur von welchem und wodurch wurde das ausgelöst, das ist unbekannt.
Und nicht meine Datensicherungsgewohnheiten auf den Prüfstand stellen wollte
Schalt mal einen Gang zurück.