hallo Hippo,
wieviele Mailclients greifen zu - und ist es WIRKLICH ein POP-Konto?
Die Beschreibung klingt nämlich nach IMAP-Abruf, wo (von einem anderen Clients aus) die Mails aus dem Posteingang entfernt wurden (*), was dein lokaler Client beim verbinden merkt und beim Synchronisieren dann auch flink die lokal "gecachten" Mails entfernt.
Nebenbei überlese ich (?), ob du direkt per Webclient auf dem Server nachgesehen hast, was denn dort im Posteingang liegt oder ggf. auch in anderen Ordnern.
*) ob gelöscht oder in einen anderen Ordner verschoben ist an dieser Stelle unerheblich, wenn natürlich auch nicht für dich beim Wiedererlangen der Mails
MfG
Drachen