Diesen "Lokalen Ordner" in %LocalAppData%\Thunderbird\ kannste ignorieren. Dort ist der Cache - das eigentliche Profil liegt in %AppData%\Thunderbird\.
(Das sind übrigens gültige Pfadangaben unter Verwendung gültiger Systemvariablen )
Ich tue mich mit "Wurzelordner" schwer, da ich den Begriff im Kontext des TB nicht kenne, aber das mag an mir liegen.
Dir kann ich nur nochmals raten, vor Beginn der Arbeiten und ggf. auch nach größeren erfolgreichen Zwischenschritten BackUps zu machen - und viel Erfolg wünschen