Der dritte Screenshot ist schon etwas aufschlussreicher, auch wenn er nur einen kleinen Ausschnitt aus der Ordnerhierarchie in den Lokalen Ordnern darstellt.
Leider ist aus den Bildern nicht ersichtlich, welche Nachrichten in welchen Ordnern fehlen.
Im zweiten und dritten Screenshot sind etliche Mbox-Dateien mit Jahreszahlen als Namen sichtbar, die offenbar keine Nachrichten enthalten (0 kB). Das ist aber völlig normal, da zu diesen Mbox-Dateien wie 2002, 2003, 2004 , .... etc namensgleiche 2002.sbd, 2003.sbd, 2004.sbd-Ordner gehören, die selber wieder Mbox-Dateien enthalten, vermutlich für die Unterordner der Monate oder Posteingang/Gesendet. D. h. die Jahres-Mbox-Dateien enthalten selber keine Nachrichten, sind aber "lebensnotwendig" für die Anzeige der Unterordner des Ordners 2002 ....usw. in Thunderbird.
Wir können das Spielchen so weiter treiben mit immer neuen Screenshots, bis man den kompletten Inhalt von Local Folders und der darin gespeicherten möglicherweise mehrstufigen Hierarchie explorieren kann. Das kannn sehr lange dauern und nervig werden, wenn man Dutzende Screenshots in Dutzenden Tabs öffnen und dann Local Folders wie ein Mosaik zusammen fügen muss.
Eine solches Problem lässt sich in der Regel zeitsparend und einfacher vor Ort oder per Fernwartung lösen. Wenn du keinen ET-Spezialisten hast, der sich mit TB auskennt, können wir es auch hier ausnahmsweise selber versuchen, per Fernwartung in Ordnung zu bringen. Es gibt keine Garantie, die vorgeblich verschwundenen Mails wiederherzustellen, falls sie sich tatsächlich nicht mehr auf der Festplatte befinden und/oder kein Profil-Backup vorhanden ist.
Du hast die Wahl ...