Die gelöschen Mails werden weder im Papierkorb noch im Ordner verschoben.
Dieser Satz ist unklar. Auch der Papierkorb ist ein Ordner.
Was steht in den Konten-Einstellungen > Server-Einstellungen > Beim Löschen einer Nachricht für das freenet Konto?
Wie löschst du Nachrichten? Benutzt du den Button "Löschen"?