Dein Screenshot des Profilordners zeigt deutlich, dass die aktuelle prefs.js Datei gestern neu erstellt wurde und nur 7 kB groß ist. Das beweist, dass sie deine alten Konten-Einstellungen nicht enthalten kann. Eigentlich müsste man auch die alte, in prefs-x.js umbenannte prefs Datei mit dem Datum von gestern finden, aber vielleicht wurde sie in invalidprefs.js umbenannt.
Entweder findest du eine "normale" prefs.js in einem Profilbackup oder du darfst alle deine POP-Konten neu einrichten.
Danach musst du jedes neu eingerichtete POP-Konto über die Konten-Einstellungen > Kontonamen > Nachrichtenspeicher > Lokaler Ordner > "Ordner wählen" mit dem entsprechenden alten "pop.xxx.xx" Kontenordner in Mail neu verknüpfen.
(Nachtrag: der "lokale Ordner" des Nachrichtenspeichers hat nichts mit den "Lokalen Ordnern" zu tun. Das wird häufig verwechselt!)