Rechts-Klick im Explorer auf einer *.eml-Datei, Button Ändern, thunderbird.exe als zugeordnete Software festlegen, bestätigen. Hab das gerade nicht vor Augen, müsste aber so sein.
thunderbird.exe findet sich in c:\Programme oder c:\Programme (x86) je nach dem und da im einschlägigen Unterordner.
Gruß
Sehvornix