Hallo Alexander,
danke für den Screenshot zum Dateiinhalt. Du siehst keine Mails mehr, weil der X-Mozilla-Status: 0009 ist. Das bedeutet 'gelöscht'. Warum auch immer.
Prüfe mal, ob das grob gesehen über die gesamte Datei für alle Mails so aussieht.
Testweise kannst Du den Status manuell im Editor mit Suchen + Ersetzen in 0001 zurücksetzen.
Da hatte Mapenzi ja mal wieder den richtigen 7. Sinn.
Solange die Datei den X-Mozilla-Status: 0009 da stehen hat, verschwinden diese Bereiche bei der nächsten Komprimierung endgültig. Insofern auch gut, dass Du Sicherungen erstellt hast.
Edit: Der Split in so viele Dateien ist dann letztlich auch nicht erforderlich. Es sollte mit Suchen + Ersetzen auch für die gesamte INBOX in einem Zug gelingen. Pauschal setzt das dann aber auch alle Einträge wieder zurück, auch die, die vielleicht wirklich vorher mal willentlich gelöscht wurden.
Gruß
Sehvornix