Wie Sehvornix schreibt..
Eine Synchronisierung ist eben kein Backup, vor allem wenn sie automatisch erfolgt. Wenn die SSD plötzlich ausfällt (was ich für am häufigsten halte) und es gerade am synchronisieren ist kann auch diese "Sicherung" beschädigt werden.
Die Synology Software läuft auf dem PC? Es müssten doch Einstellungen möglich sein z.B. um den Archivordner nicht auslagern zu müssen. Oder auch eine inkrementelle Sicherung zu machen.
Ich gehe bei der Geschichte hier von mbox aus? Das ist m.M. nach eine ungünstige Kombination mit einer Synchronisierung.