In Thunderbird selbst lässt sich meines Wissens nur für den Junk-Ordner (oder auch Spam) eine Aufbewahrungsfrist einstellen.
Gestern habe ich zufällig entdeckt, dass es in Thunderbird inzwischen tatsächlich eine Einstellung für die Aufbewahrungszeiten gibt.
Allerdings kann ich nicht empfehlen, von der Standardeinstellung "Einstellungen des Kontos verwenden" abzuweichen.
Aufruf dieser Einstellung mit Rechtsklick auf den betreffenden Ordner und Linksklick auf "Eigenschaften" im Kontextmenü.