Wie kann ich einen davon wieder entfernen ?
Wahrscheinlich kommt einer der Spamordner von Deinem Provider und der andere von Thunderbird. Leider hast Du Deinen Provider nicht genannt, daher nur folgende allgemeine Hinweise.
- Leite den Thunderbird-Spam in den Konten-Einstellungen -> Spam-Filter/Junk-Filter unter -> Speicherplatz -> Anderer Ordner in den Spam-Ordner Deines Providers.

- Nach einiger Wartezeit hat der Spamordner von Thunderbird nur noch das allgemeine Ordnersymbol und nicht mehr das rote Spam-/Junk-Symbol. Eventuell musst Du Thunderbird einmal neu starten (beenden, schließen und dann wieder starten).

- Jetzt kannst Du den Thunderbird-Spam-Ordner löschen. Vorher ggf. noch fehlsortierte Mails als kein Spam/keinJunk deklarieren. Beim Löschen des Ordners werden alle darin enthaltenen E-Mails mit gelöscht. Danach den Ordner noch aus dem Papierkorb löschen.