Bevor du anfängst in den Dateien rumzusuchen und eventuell alles noch schlimmer zu machen, solltest du die Möglichkeiten von TB nutzen. Als ersten Mal in alle Ordner schauen, ob die Mails vielleicht versehentlich verschoben oder gelöscht wurden. Dann gibt es noch diverse Möglichkeiten der Suche, insbesondere auch eine globale.
Wenn das nicht nutzt, wäre die nächste Maßnahme eine Reparatur des Ordners. Rechter Mausklick, Eigenschaften, Reparieren. Eine Sicherung des Profilordners vorher kann nicht schaden.