Der / die Filter wird / werden auf den Posteingang angewendet, wenn nichts anderes eingestellt wird. So steht es ja auch da in Deinem Screenshot.
Das ist leider falsch. Der Ordner bei 'Ausgewählte(n) Filter anwenden auf' bedeutet nicht, das der Filter nur auf diesen Ordner angewendet wird, sondern legt lediglich den Ordner fest, auf den der Filter angewendet wird, wenn man auf 'Jetzt ausführen' klickt. Beim automatischen ausführen werden die Filter immer auf den Posteingang ausgeführt (und möglicherweise auch auf allen anderen Ordnern, die ebenfalls auf neue Nachrichten überprüft werden).