Ich benutze Linux und nicht Windows, daher kann ich dir die exakte Vorgehensweise für Windows nicht nennen, doch grundsätzlich ist das Verfahren identisch.
Du gehst (nach der Neuinstallation) in den Ordner wo Thunderbird gespeichert ist und suchst nach "Local Folders". In deinem Backup rufst du ebenfalls Local Folders auf und kopierst, bzw. überschreibst den kompletten Inhalt in "Local Folders" in der neuen Installation.