Hi nzc,
wenn du die Mails per pop3 abholst, werden sie schon in den endungslosen mbox-Dateien gespeichert. Einen anderen Speicherort gibt es nicht - es sei denn, du verwaltest die Mails per imap auf dem Server des Providers. Dann liegen sie natürlich dort und nicht auf deinem Mailclient.
Hast du wirklich alle mbox-Dateien durchsucht? Auch den Mülleimer und die Lokalen Ordner usw.
MfG Peter