Hallo und willkommen im Forum!
Sind diese Mails auf dem Server dann ebenfalls weg?
Dadurch, dass du vermutlich das "Bereithalten von Nachrichten" aktiviert hast (weil by default) können sich Eingangsordner ziemlich stark vergrößern und zwar ohne dass du es merkst.
Eine reglmäßige KOntrolle besonders der empfindlichen Posteingänge ist daher notwendig.
Dafür installiere am Besten das Add-on Extra Folder Columns
Übrigens sollte man Posteingänge leer und komprimiert halten.
Eine weitere Fehlerquelle ist die Indexdatei, man gelegentlich mal reparieren muss:
Ordner reparieren: Rechtsklick auf den Ordner, Eigenschaften, Allgemein, "Reparieren".
Gibt es im Webmailbereich - also auf der Webseite - Filter, die vielleicht ohne es zu wissen ausgeführt werden?
Manche Löschaktionen gehen von dort aus.
Natürlich ist so etwas auch in TB möglich, aber das müsstest du schon wissen.
Auch eine falsche Konfiguration des Junkfilters solltest du ausschließen können.
Gruß
