Das ist ein "uralter Hut". Das Master-Passwort sichert nur ein paar Daten wie die anderen Passwörter, Zertifikate, etc.
Die E-Mails in Thunderbird werden davon nicht geschützt und man kann über den Master-Passwort-Dialog einfach hinweg gehen. Das ist so gewollt und wird sich bestimmt auch nicht ändern. Die E-Mails sind sowieso im Klartext auf der Festplatte gespeichert. Mit einem Add-on wie "StartupMaster" (gab es für frühere Thunderbird-Versionen) wird zwar direkt beim Programmstart das Master-Passwort abgefragt, und es scheint so als wäre es ein Zugriffsschutz für das ganze Programm, aber dies ist nicht so. Auch mit dem Add-on lässt sich der Dialog einfach per Abbrechen wegklicken und man hat Zugriff auf alles Mails, Termine etc. Die Abfrage nach dem Master-Passwort kommt dann "nur" immer wieder, sobald Thunderbird auf die normalen Passwörter zugreifen möchte, da die zugehörige Datei mit dem Master-Passwort entschlüsselt werden muss.
Man kann die Benutzer mit getrennten Benutzer-Accounts des Betriebssystems trennen. Wenn deren Daten (inkl. jeweils eigenem Thunderbird-Profil) in den standardmäßigen Benutzer-Ordnern des Systems liegen, kann man gegenseitig nicht mehr darauf zugreifen.
Du sprichst aber selbst schon von einem Dual-Boot-System. Damit werden dann auch schon wieder die Benutzerkonten des Betriebssystems ausgehebelt, da man im jeweils "anderen" System alles aufrufen kann. Dies würde auch per externem Datenträger und/oder USB-Stick mit einem "eigenen" Betriebssystem darauf funktionieren.
Will man die Daten wirklich gesichert haben, müsste man den Datenträger selbst verschlüsseln (unter Windows bspw. mit Bitlocker) oder mit einem entsprechenden Container wie VeraCrypt arbeiten.