Prüfe bitte mal mit dem [lexicon='Konfigurations-Editor',''][/lexicon] folgende Einstellung:
mail.server.default.check_all_folders_for_new
Steht die auf false oder true?
Ich bin nicht sicher, wie diese Einstellung sich auf die Junk-Erkennung in sämtlichen Ordnern auswirkt, vermute aber dass bei true eben auch der Junk-Filter aktiv wird, da true quasi unterstellt, dass in sämtlichen Ordnern auch neue E-Mails eingehen (können). Falls hier wirklich das tückische Verhalten seine Ursache hat, würde man sich natürlich wünschen, dass man dies noch getrennt voneinander einstellen könnte.