Wenn die Ordner angelegt werden, sollte es eigentlich klappen wenn Du die Mails (den Inhalt der Ordner) anschließend Ordner für Ordner aus den Ordnern unter Mailstore Export zu den Ordnern im Posteingang kopierst.
Nachtrag 20 h 17: ich habe soeben versucht einen Ordner aus dem Mailstore Export in den Posteingang zu kopieren. Dabei sind alle Mails auch kopiert worden. Bei vielen Mails kann diese Kopieraktion aber schon einige Minuten dauern.