Das Thema ist generell so. Verschieben von einem IMAP in lokalen Folder löscht nicht vom Server.
Bei mir klappt das Verschieben und Löschen auf dem Server einwandfrei. Getestet mit Verschieben einer Mail in die lokalen Ordner. Dabei wurde die Mail aus dem IMAP-Ordner gelöscht.
Kleiner Unterschied: ich nutze nicht Thunderbird, sondern Betterbird. Da aber beide Programme praktisch identisch sind dürfte das keinen Unterschied machen.