Ich kann das Problem unter Windows nicht bestätigen. Ankommende Mails, für die eine Filterregel besteht, werden bei mir automatisch in den betreffenden Ordner verschoben und als ungelesen angezeigt.
Unterschied zu Deinen Einstellungen: Ich habe unter Auszuführende Aktionen nicht ausgewählt Mails als ungelesen zu markieren.