Kopiere den Profilordner regelmäßig in ein anderes Verzeichnis. Dann hast Du Dein Backup.
Siehe Profilordner - Sichern und aus Backup wiederherstellen
Den Programmordner musst Du nicht extra sichern, da Du Thunderbird bei Bedarf einfach neu installierst. Der Profilordner bleibt bei einer Neuinstallation erhalten, aber schlimmstenfalls kannst Du auch den gesicherten Ordner wieder zurück kopieren.