Hallo,
möglicherweise sind deine Ordner viel größer als du glaubst bzw. als es aussieht.
Lasse dir zur KOntrolle der Ordnergößen diese im Ordnerfenster anzeigen. Seit TB 3 geht das leider nicht mehr, man braucht dazu das Add-on Extra Folder Columns.
Danach dieses lesen:
Info-Spalten anzeigen lassen.
Wenn du Mails löscht (auch im Papierkorb) musst du immer komprimieren, sonst bleiben sie weiterhin im Ordner und die Indexdatei kann defekt werden. Noch schlimmer: verschobene Mails verdoppeln sich ohne das Komprimieren.
Lies:
https://www.thunderbird-mail.de/wiki/Das_Mbox-…C3%BCr_Probleme
https://www.thunderbird-mail.de/wiki/Ordner_komprimieren
https://www.thunderbird-mail.de/wiki/Datenverlust_vorbeugen
https://www.thunderbird-mail.de/lexicon/:Korrupte_Indexdateien
Gruß