Ich würde alle Konten als IMAP-Konten einrichten, dann liegen die Mails auf dem Server des Anbieters und von allen genutzten Clients ist Zugriff möglich, bei Bedarf sogar parallel.
Ein Client wird mit Filtern derart versehen, dass Mails in die sog. "Lokalen Ordner" kopiert werden, wo man eine individuelle Ordnerstruktur anlegen kann.
Je nach Nutzungshäufigkeit wird dann von diesem Client täglich, wöchentlich, monatlich oder unregelmäßig - bei zuvor beendetem Thunderbird - das ganze TB-Profil aufs NAS gesichert. Aber wer so ein NAS hat, nutzt es vermutlich ohnehin auch zur Datensicherung der Clients und dort sollte dann das TB-Profil ohnehin mit dabei sein ....
MfG
Drachen