Wer noch Ideen hat, woran das gelegen haben könnte...
Bei POP-Konten wird in einer Datei namens popstate.dat (bei der Dateieindung bin ich unsicher, hab hier nur IMAP-Konten auf dem Notebook) gespeichert, welche Mails bereits abgerufen wurden.
Möglicherweise hat diese Datei bei dir 'nen Schlag weg.
Man könnte die datei (bei beendetem Thunderbird) löschen, dann wird sie beim nächsten Start neu angelgt und alles nochmal abgerufen - das behebt i.d.R. dieses Problem und beschwört ein anderes (kleineres!): das möglichst einfache Sortieren eventueller Doppelungen. Kriegt man natürlich auch in griff, wenn man vorher alels Vorhandene in andere Ordner kopiert/verschiebt und nach dem Abruf alles, was man eh shcon hatte, wieder aus dem Posteingang löscht - bei dir also vor dem zweiten bzw. nach dem zehnten Dezember.
Aber du hast ja auch eine praktikable Lösung gefunden, danke übrigens für deren Beschreibung