Du bekamst verschiedene Hinweise auf mögliche Ursachen für die Löschung dieser eingehenden Mails.
Ich erkenne keine Reaktion auf die Hinweise. Insofern bin ich unsicher, was du nun auf die Wiederholung der Problembeschreibung von uns erwartest.
Ergänzen muss man auch den Hinweis auf deinen Bitdefender als potentielle Ursache, wenngleich da bei täglichem Verschwnden neuer Mails evtl. weniger wahrscheinlich ist. Du solltest dennoch prüfen, wann es das/die letzten Update(s) für Bitdefender gab, und zudem auch in dessen Protokolle schauen.
Davon abgesehen kannst du mit dem Thunderbird keine E-Mails komprimieren, folglich auch keine "komprimierten e-Mails zurück"bekommen.
Du kannst Ordner komprimieren: dabei werden Mails aus der jeweiligen Datei entfernt, welche zuvor bereits im TB gelöcht (oder in andere Ordner verschoben) wurden: Denn bei diesem Löschen oder Verschieben verbleiben die Mails normalerweise noch in der Ordnerdatei und werden lediglich nicht mehr im TB angezeigt. Die Datei wird also trotz Löschen (im TB) nicht kleiner .... das passiert erst bei eben diesem "Komprimieren".
In keinem Fall dürfte allerdings ein Komprimieren lokal im Thunderbird auch eine Löschung von E-Mails auf dem Server (!) bewirken, daher halte ich dieses Komprimieren für nicht verantwortlich für verschwindene Mails.