Und warum findet er beim zweiten Start das richtige Profil?
Eins der beiden Profile wird das Standardprofil sein, welches in der Datei profiles.ini (im Ordner %AppData\Thunderbird\) angegeben ist. Das andere wird möglicherweise direkt in der Verknüpfung zum Aufruf des TB angegeben.
Mein Bauchgefühl sagt, dass in der Verknüpfung im Autostart ein Profilname drinstehen könnte, aber natürlich kann es auch andersrum sein und die Angabe im der für den manuellen Start verwendeten Verknüpfung stecken.