POP- oder IMAP-Konto?
Die oben beschriebene Art der Übernahme von Profilen habe ich mehrfach praktiziert und stets lief alles auf Anhieb - sowohl auf meinem PC mit einigen POP-Konten und vielen lokal abgelegten Mails als auch von Notebook zu Notebook mit ausschließlich IMAP-Konten, also ohne lokale Speicherung.
Allerdings habe ich niemals einzlene Ordner "umgeleitet", "verbogen" oder wie immer man es nennen mag, wenn Ablagepfade für ordner manuell verändert werden und dies ggf. nach außerhalb des Profilordners.
Hattest du möglicherweise für deinen "nicht löschen"-Ordner oder Andere mal den Speicherpfad angepasst?
Falls IMAP-Konto, ist aus unerklärlichem grund evtl. nur das Ordner-Abonnement abhanden gekommen und du musst den ordner nur neu abonnieren ...