Hallo,
das ist merkwürdig, denn bei mir funktioniert diese Einstellung problemlos beim testweisen Öffnen von Mails in neuen Fenstern wie auch in neuen Tabs.
Ich würde zunächst mal einen Test im Fehlerbehebungsmodus von Thunderbird machen.
Wenn das Problem auch in diesem Modus auftritt, fällt mir nichts weiter dazu ein als in einem neuen Profil zu testen.
Du kannst aber auch einen Test mir der Erweiterung "Deselect on Delete TB78" machen.:

Deselect on Delete TB78
Disables selection of the next message when deleting.
A quick port of squib's "Deselect on Delete" for thundebird 78.
addons.thunderbird.net
Dieses Add-on bewirkt zwar das selbe wie die Einstellung, ist aber zusätzlich in der Nachrichten/Themenliste wirksam, was dich allerdings nicht interessiert.