Hallo,
ich muss ehrlich gestehen, dass mich nach Lektüre der ersten Hälfte deiner Problembeschreibung der Mut und der Ehrgeiz verlassen haben, dein Problem nachzuvollziehen.
Was du auf jeden Fall noch versuchen kannst:
zeige den Profilordner von Thunderbird an, beende TB.
Im Profilordner öffne den Unterordner "Mail" und lösche darin den Unterordner "smart mailboxes".
Starte TB neu.