Ich weiss gar nicht was ein Filter für ein Konto ist
Das ist eine Funktion von Thunderbird (Extras > Nachrichtenfilter), mit der man z. B. eingehende Nachrichten automatisch oder manuell in andere Ordner verschieben kann. Ich habe nur deshalb gefragt, da du einige Ordner in den Lokalen Ordnern erstellt hast, vermutlich zum dauerhaften Speichern (Archivieren) von bestimmten Mails.
ich habe dieses Konto auf zwei Rechnern zu Hause, auf dem Handy und im Büro.
Das erleichtert natürlich nicht die Lösung, aber ich glaube du solltest zunächst überprüfen, ob die Kontenart (POP oder IMAP) und gewisse Einstellungen (Zielordner für gelöschte Mails) auf allen Geräten die selbe ist. Ein solcher Fall ist mir bisher noch nicht begegnet.