aber vielleicht liest es jemand von Thunderbird
Nein, von den Thunderbird-Entwicklern bzw. vom Thunderbird Team liest meines Wissens keiner in diesem Forum mit.
Einer der Verantwortlichen des QA Teams ist regelmäßig im amerikanischen Forum http://forums.mozillazine.org/ tätig.
Was dir (oder deinen Kunden????) beim Update auf TB 68.x.x leider passiert ist, ist auch bei zahlreichen anderen Benutzern daneben gegangen, und dazu gibt es schon Bug-Berichte, z. B.
Bug 1542025 "Thunderbird 67, 68 and newer betas does not use existing profile" oder auch
Bug 1587067 "Upgrade from TB 60.9 ESR 32bit to TB 68.1 ESR 64bit creates a new profile"
sowie mehrere Themen in diesem Forum und sogar auf dieser Seite unter "Wichtige Hinweise" den Artikel Achtung Nach Update sind sämtliche Kontoeinstellungen verschwunden - keine Panik! 5. November 2019