Ob die darin befindlichen Textdateien nach dem Umbenennen in *.eml für den Thunderbird lesbar sind, würde ich sicherheitshalber ausprobieren. Am besten mit einer Datei, die mehrere Anhänge enthält.
Guter Hinweis: bevor man sich die Mühe macht, mit Automator den Workflow zum Umbenennen zu erstellen, sollte ein Test durch manuelles Anhängen der Endung .eml an eine maildir Datei und anschließendem Verschieben in einen Ordner in TB gemacht werden; idealerweise natürlich mit einer Datei mit Anhang.